En 1870, terminada la guerra, tras el asesinato de Urquiza por López Jordán, Sarmiento le encomendó al Teniente Coronel Roca la represión de la sublevación. La operación fue todo un éxito y en ella pudieron verse algunos rasgos de la actuación del futuro conquistador del desierto: sangre fría y escasa compasión para con los derrotados.
Roca propondrá desde el ministerio un cambio radical de la política seguida con el indio por su antecesor. Su plan consiste en una ofensiva final a cargo de un poderoso ejército equipado con los últimos adelantos de la industria militar. Suprimió los sables y lanzas y los reemplazó por modernos fusiles a repetición Remington.
La campaña fue un verdadero genocidio que dejó un saldo de miles de muertos y más de 14 mil prisioneros. Lo importante para Roca y su campaña política no eran las víctimas que ni siquiera eran consideradas como tales por la sociedad de la época, sino los millones de hectáreas "recuperadas" a los indios y su consecuente prestigio político militar.
Roca volvió de la campaña con el título de "Conquistador del Desierto" y sus clásicos enemigos reconocieron que la acción del general tucumano los beneficiaba enormenente. Roca aprovechó magistralmente esta circunstancia y logró imponer su candidatura a la presidencia por el Partido Autonomista Nacional. Con la ayuda de Juárez Celman en el interior y Carlos Pellegrini en Buenos Aires, fue consolidando su posición hasta lograr imponerse en las elecciones del 11 de abril de 1880.
En octubre de 1914, a los 71 años, se trasladó a su estancia La Argentina, dispuesto a pasar allí sus últimos años. Un repentino ataque de tos, al que no le dio importancia, pese a la advertencia del doctor Luis Güemes, era el síntoma de que algo andaba mal. El 19 de octubre, a las ocho de la mañana, otro ataque brusco le hizo perder el conocimiento. A las dos horas moría Julio Argentino Roca, dando paso a la polémica sobre su figura que aún hoy continúa.